没过多久，擢授御史大夫，与裴矩、虞世基共同掌机密。裴蕴善候伺人主微意，如果是皇帝想怪罪的人，则曲法顺情，锻成其罪。如果是皇帝想包庇的人，则附从轻典，因而释之。因此之后大小之狱都以交付给裴蕴，宪部大理莫敢与夺，必禀承进止，然后决断。裴蕴也机辩，所论法理，言若悬河，或重或轻，皆由其口，剖析明敏，时人不能致诘。杨玄感的造反，炀帝遣裴蕴推其党与，对裴蕴说：“玄感一呼而从者十万，益知天下人不欲多，多即相聚为盗耳。不尽加诛，则后无以劝。”裴蕴因此峻法治之，所戮者数万人，皆籍没其家，炀帝大称善，赐奴婢十五口。
司隶大夫薛道衡以忤意获谴，裴蕴知炀帝厌恶他，于是上奏道：“道衡负才恃旧，有无君之心。见诏书每下，便腹非私议，推恶于国，妄造祸端。论其罪名，似如隐昧，源其情意，深为悖逆。”帝曰：“然。我少时与此人相随行役，轻我童稚，共高颎、贺若弼等外擅威权，自知罪当诬惣。及我即位，怀不自安，赖天下无事，未得反耳。公论其逆，妙体本心。”于是诛杀薛道衡。
又一次，炀帝问苏威以讨辽之策，苏威不愿炀帝再次出征，且想让炀帝知天下多贼，乃诡答道：“今者之役，不愿发兵，但诏赦群盗，自可得数十万。遣关内奴贼及山东历山飞、张金称等头别为一军，出辽西道，诸河南贼王薄、孟让等十余头并给舟楫，浮沧海道，必喜于免罪，竞务立功，一岁之间，可灭高丽矣。”炀帝不怿地说：“我去尚犹未克，鼠窃安能济乎？”苏威出后，裴蕴奏道：“此大不逊，天下何处有许多贼！”。
炀帝恍然大悟地说：“老革多奸，将贼胁我。欲搭其口，但隐忍之，诚极难耐。”裴蕴知炀帝意，遣张行本奏苏威罪恶，炀帝付裴蕴推鞫之，乃处其死。帝曰：“未忍便杀。”遂父子及孙三世并除名。裴蕴又想加强自己的权势，令虞世基奏罢司隶刺史以下官属，增置御史百余人。于是引致奸黠，共为朋党，郡县有不附者，阴中之。于时军国多务，凡是兴师动众，京都留守，及与诸蕃互市，皆令御史监之。宾客附隶，遍于郡国，侵扰百姓，帝弗之知也。以渡辽之役，进位银青光禄大夫。
司马德戡将作乱，江阳长张惠绍夜驰告之，裴蕴和张惠绍谋，欲矫诏发郭下兵民，尽取荣公来护儿节度，收在外逆党宇文化及等，仍发羽林殿脚，遣范富娄等入自西苑，取梁公萧钜及燕王处分，扣门援帝。谋议已定，遣报虞世基，虞世基疑反者不实，抑其计。不久，难作，蕴叹曰：“谋及播郎，竟误人事。”于是被杀。
裴蕴，河东闻喜人，隋朝时期大臣，陈朝都官尚书裴忌之子。入仕陈朝，起家直阁将军，出任兴宁县令，隋灭陈之战后，历任上仪同、开府、洋直棣等州刺史。隋炀帝杨广即位后，拜太常少卿，迁民部侍郎，迁御史大夫，参与攻打辽东和游幸江都。宇文化及发动江都兵变，随隋炀帝杨广一同被杀。
裴蕴，一开始在陈朝做官，任过直阁将军、兴宁令，但他却始终思念着北方的故土和亲人，同时他估计北方的杨坚，可能会统一全国，曾暗中派人送信给杨坚，表示“请为内应”。陈朝被隋灭掉后，隋文帝杨坚接见曾在陈朝做过官的所有“江南衣冠之士”，当接见到裴蕴时，杨坚想起了他曾奉表“请为内应”之事，便破格提拔裴蕴时，超授为仪同之职。
左仆射高颎进谏说：“裴蕴无功于国，所受的恩宠却超过了同辈，我认为此举是不妥当的。”隋文帝杨坚听后不以为然，反而又给裴蕴加官为上仪同，高颎仍然不解，再次进谏。文帝又给裴蕴加官，授以开府之职，高颎这才不敢说话了。以后，裴蕴又历任洋、直、棣等州刺史，都有能名。
隋炀帝闻其善政，征为太常少卿。之前，隋文帝不好声技，派遣牛弘定乐，非正声清商及九部四儛之色，皆罢遣从民。至此，裴蕴揣测知隋炀帝意，奏括天下周、齐、梁、陈乐家子弟，皆为乐户，其六品已下，至于民庶，有善音乐及倡优百戏者，皆直太常。是后异技淫声咸萃乐府，皆置博士弟子，递相教传，增益乐人至三万余，隋炀帝大悦，迁裴蕴为民部侍郎。
当时，户口脱漏现象很严重，年龄不实“或年及成丁，犹诈为小，未至于老，已免租赋”，这种现象严重影响了隋政府的财政收入，也不利于发展生产，成为当时一个重大的社会问题。因为裴蕴曾经做过几任刺史，对其中的内情比较清楚。于是他上疏，提出了一整套核实户口的措施。他奏请采取的“貌阅法”，也就是说，每个户口均由官司检阅，与本人核实，这样，不但性别、年龄能够落实，人数也比较可靠。为了贯彻这些措施，他还规定：“若一人不实，则官司解职，乡正里长皆远流配。”又规定了奖励告发的办法：凡有户口漏报者，告发者只要“纠得一丁者，令被纠之家代输赋役”。
这些措施付诸实施后，收到了非常明显的效果。结果“计账进四十四万三千丁，新附一百六十四万一千五百口”。在当时的历史条件下，采取按人查对户口的“貌阅法”，确是一项有利于核实人口、促进生产的政策。尽管裴蕴提出这项措施的根本目的是为了增加隋朝政府的财政收入，但客观上对于恢复和发展生产，增强国家的实力还是有积极意义的。对此，隋炀帝很满意，他向大臣们说：“前代无好人，致此罔冒。今进民户口皆从实者，全由裴蕴一人用心。古语云，得贤而治，验之信也。”由是渐见亲委，拜京兆赞治，发擿纤毫，吏民慑惮。
没过多久，擢授御史大夫，与裴矩、虞世基共同掌机密。裴蕴善候伺人主微意，如果是皇帝想怪罪的人，则曲法顺情，锻成其罪。如果是皇帝想包庇的人，则附从轻典，因而释之。因此之后大小之狱都以交付给裴蕴，宪部大理莫敢与夺，必禀承进止，然后决断。裴蕴也机辩，所论法理，言若悬河，或重或轻，皆由其口，剖析明敏，时人不能致诘。杨玄感的造反，炀帝遣裴蕴推其党与，对裴蕴说：“玄感一呼而从者十万，益知天下人不欲多，多即相聚为盗耳。不尽加诛，则后无以劝。”裴蕴因此峻法治之，所戮者数万人，皆籍没其家，炀帝大称善，赐奴婢十五口。
司隶大夫薛道衡以忤意获谴，裴蕴知炀帝厌恶他，于是上奏道：“道衡负才恃旧，有无君之心。见诏书每下，便腹非私议，推恶于国，妄造祸端。论其罪名，似如隐昧，源其情意，深为悖逆。”帝曰：“然。我少时与此人相随行役，轻我童稚，共高颎、贺若弼等外擅威权，自知罪当诬惣。及我即位，怀不自安，赖天下无事，未得反耳。公论其逆，妙体本心。”于是诛杀薛道衡。
又一次，炀帝问苏威以讨辽之策，苏威不愿炀帝再次出征，且想让炀帝知天下多贼，乃诡答道：“今者之役，不愿发兵，但诏赦群盗，自可得数十万。遣关内奴贼及山东历山飞、张金称等头别为一军，出辽西道，诸河南贼王薄、孟让等十余头并给舟楫，浮沧海道，必喜于免罪，竞务立功，一岁之间，可灭高丽矣。”炀帝不怿地说：“我去尚犹未克，鼠窃安能济乎？”苏威出后，裴蕴奏道：“此大不逊，天下何处有许多贼！”。
炀帝恍然大悟地说：“老革多奸，将贼胁我。欲搭其口，但隐忍之，诚极难耐。”裴蕴知炀帝意，遣张行本奏苏威罪恶，炀帝付裴蕴推鞫之，乃处其死。帝曰：“未忍便杀。”遂父子及孙三世并除名。裴蕴又想加强自己的权势，令虞世基奏罢司隶刺史以下官属，增置御史百余人。于是引致奸黠，共为朋党，郡县有不附者，阴中之。于时军国多务，凡是兴师动众，京都留守，及与诸蕃互市，皆令御史监之。宾客附隶，遍于郡国，侵扰百姓，帝弗之知也。以渡辽之役，进位银青光禄大夫。
司马德戡将作乱，江阳长张惠绍夜驰告之，裴蕴和张惠绍谋，欲矫诏发郭下兵民，尽取荣公来护儿节度，收在外逆党宇文化及等，仍发羽林殿脚，遣范富娄等入自西苑，取梁公萧钜及燕王处分，扣门援帝。谋议已定，遣报虞世基，虞世基疑反者不实，抑其计。不久，难作，蕴叹曰：“谋及播郎，竟误人事。”于是被杀。