走出宫殿，随船的修士们在城内最大的清真寺上立起十字架，并感恩天主赐予他们胜利。基尔瓦的各个城区则被士兵们搜刮一空，他们冒着生命危险跨过重洋就是为了获取战利品一夜暴富的。这些士兵私下搜刮的财物都被揣进各自的兜，没有交给副王再分配，这让阿尔梅达恼怒地认为士兵们盗窃了国王的财产，可他却不能将所有士兵都严格按照军法处置。

副王在基尔瓦停留了两周，一是恢复本地秩序，葡萄牙人无力输送大量移民，当前他只能扶持一个傀儡保持葡萄牙在基尔瓦的存在。

新苏丹的加冕仪式准备得很匆忙，阿尔梅达甚至没有找与苏丹有血缘关系的贵族作为统治者，而是指定了一位对苏丹不满的富商。他穿着葡萄牙式的华服向副王宣誓效忠，保证永远忠于葡萄牙，不拖欠贡赋。

同时诸多废弃建筑被拆毁，其建材被用作建造堡垒，负责驻留堡垒的驻军也抽调完毕。安排好这些善后工作的阿尔梅达没有再浪费时间停留在基尔瓦，继续率领舰队沿海岸向北奔去。

尽管曼努埃尔没有在命令中指定更多在东非的目标，而是要求其尽快横渡印度洋抵达马拉巴尔海岸。副王还是发挥着主观能动性，决定先征服蒙巴萨。

蒙巴萨苏丹知道葡萄牙人是不好对付的对手，他加固城防，命令潜水员从附近沉没的葡萄牙船只中打捞火炮，叛逃至苏丹麾下的葡萄牙水手让这些火炮能够被正确使用。

不过数量稀少且保养不当的火炮没能对阿尔梅达造成威胁，舰队里的弗兰德炮手为副王赢下了与蒙巴萨之间的炮战。

蒙巴萨苏丹火冒三丈地接见了阿尔梅达派到岸上的使者：“我的主子希望您能够认清现实，和平地臣服于伟大的君主曼努埃尔是最有利的选择。”

“你们这些恶魔的私生子，火狱来的混蛋，蒙巴萨不是基尔瓦，我是苏丹而并非小鸡，没有人会在如此暴行面前坐以待毙……”

送走使者的苏丹打算拿出他手头上的所有军力与强敌一搏。

面对这些众志成城的守军和市民，观察到城内有诸多木制建筑的阿尔梅达打算讲城市付之一炬，被组织起来的葡萄牙敢死队上岸将点燃的火药罐掷入街道，火势迅速扩大，横扫全城。

大火持续一夜，次日黎明，葡萄牙军趁乱杀入其中，蒙巴萨苏丹无力阻挡，被赶出城的他只能看着葡萄牙人在烈火中毁灭城市、搜刮财富、俘虏奴隶。

吸取基尔瓦教训的阿尔梅达此次尝试将不同的城区分别划给不同战舰的水兵以进行有组织、高效地搜刮行动，这样也能减少战利品被士兵私下窃取的可能。

如此暴行让蒙巴萨屈服，这个浸在鲜血和火焰之中的贸易城邦成为了葡萄牙的新臣属。

至夏秋之交，葡属印度副王终于莅临马拉巴尔海岸。