诸葛长民已经消除了反叛之心，与公卿们大臣们，每天去新亭去等候刘裕，诚心诚意，战战兢兢，只是见不到刘裕归来。

二月，三十日，深夜时分，刘裕乘快艇，迅速前进，人不知鬼不觉地回到了东府。

三月初一凌晨，诸葛长民才得到消息，知道刘裕已经回来了，大吃一惊，急忙赶过去晋见。

刘裕听说他来了，笑了笑，命武士埋潜伏在幔中，听他指示，击杀诸葛长民。

然后他笑容满面地去迎接诸葛长民，挽着他的手进入屋中。

屏退左右，单独和诸葛长民交心谈话，这顿促膝长谈，把一生以来谈不透的话全部谈到了，刘裕谈到了二十七友一起举起大旗，如今死了大部分，剩下的没有几位了，实在是令人痛心。谈到了何无忌持节战死，谈到了孟昶服毒自尽，还谈到了刘盘龙的自取灭亡。

当然也谈到了自己的抱负，为民请命，中华一统的决心。

直说得诸葛长民激情澎湃，非常高兴，立刻表示，一定为他鞍前马后鞠躬尽瘁。也就是这时，却不料武士从帷幔后跳将出来，从后面紧紧勒住他的脖子，在座位上弄死了他。

刘裕看着他眼中的神采渐渐消退，一挥手，命人将尸体抬出，用车子拉到延尉去判罪。

同时派人去抓他弟弟诸葛黎民，诸葛黎民对刘裕破口大骂，拒捕格斗，他也确实非常骁勇，一时间武士被杀死一片，但是最后还是力尽而亡。

刘裕可不是苻坚，定要斩草除根，于是诸葛长民的另外两个弟弟，诸葛幼民、诸葛秀之也被斩杀。

东晋朝堂上下瑟瑟发抖，遂加任任刘裕为豫州刺史。

刘裕反倒是高风亮节，坚决辞让太傅、州牧等职务。

刘穆之见诸葛长民被诛，心里一块石头落了地，刘裕见到他时，笑问：“怎么脸色如此难看？”

刘穆之瞪了他一眼道：“主公心真大，还能笑得出来，我都要吓死了！”