到了明朝时期，皇帝设太医院，有十三个科室，这第十三个科室，就是祝由科的医道秘术，据说祝由科的秘术实行范围非常广阔，能够缓解病痛，治好小儿夜哭，就连妇女怀孕生子，意外跌打损伤，虫兽的撕咬损伤都可以进行医治。

而且，祝由术延伸起来，还有“满水招财”“化形变鹤”“吹毛变虎”等法术。

不过，也因为祝由术太过于离奇和强大，在古代，只有皇室内的太医院，和道教秘法之中才有流传，民间并未兴起。

清朝乾隆六年，祝由术由官方编订，分成了乾、元、亨、利、贞这五册流传于世，这祝由术五册秘典之中，医道流传的秘术又分为了十三个科目，被称为“太上祝系天医十三科”，分别是大方脉、诸风科、胎产科、眼目科，小儿科、口齿科、诸外科、伤折科、耳鼻科，金簇科、疮肿科、书禁科、砭石科。这十三科，主治疑难杂症，又被称为祝由十三科。

太上祝系天医十三科最神秘的部分，往往由古代中医世家父子或内门弟子间传承，在道教体系之中，也有着隐秘的流传。

这种方式和茅山术的理论有些类似，医师也会如同道士一般严守戒律。

一般要施展祝由术里书禁科神秘的内容，医师先要清净斋戒，然后内心平静，心无杂念，用心专一，然后以正直之身引入天地间神秘的正气，将自轩辕黄帝时期流传而来的符咒画出，这种符咒据说是远古的智者仓颉与天地达成的契约，符咒中的文字本来就有着无与伦比的灵性，符咒之中，以“雨”字为君，以“鬼”字为臣，以“尚”字为将，以“食”字为兵，以其他的字或对症或克制疾病为先锋。

从而能够对症消除疾病，达到康复身体的目的。

古代医师施展祝由术，过程往往很繁琐。

例如“治骨鲠法”这个祝由术。

施展祝由术时，医师要左手以法诀托住水碗，右手食指中指并拢做剑决，在水碗中画下几个符字，然后由施术者念咒，念得是，“碗水化为海滨，喉咙化为万丈深潭。九龙归洞化如泥。喉咙功成之日，名书上清吾奉。太上老君急急如律令”

念完咒，右手再在碗里再画三个字符，然后再念一通咒语，左足和右足分别踏上画出的不同文字，然后，用“雨”和“鬼”两个字组合其他字符，画出来九个字符，这九个字符，被称为“九龙入海”。

到这里还没完，如果卡嗓子的骨头是猪骨头，那么字符要用“雨”“鬼”和“虎”这三个字组合，卡住嗓子的是鸡骨头，就把“虎”字换为“凤”字，如果卡住嗓子都是鱼骨头，就换成“龙”字，然后再将这碗水给患者，患者朝东面喝下去，就可以解决骨头卡嗓子而化脓的问题。

这种在我们现代人看起来比较荒唐的事情，在古人的眼中，却是非常严肃且庄重的仪式。