尽管多里亚雄心勃勃且手段严厉，但他始终是一个爱国者，成功抵制了查理皇帝多次希望在热那亚建立由西班牙人驻守的城堡的企图，无论是以甜言蜜语还是威胁都无法使他屈服于这一计划。

即便年事已高，多里亚的精力依旧充沛。

1550年，84岁的他再次出海，对抗穆斯林舰队。

尽管海雷丁·巴巴罗萨于1545年退役，熬走了一个强敌，但德拉古特和巴巴利亚海盗仍然构成威胁。

多里亚与门多萨一起攻占了德拉古特刚刚征服并作为基地的马赫迪亚，抓获了德拉古特的侄子赫萨尔。

次年，多里亚又加强了驻军，随后追踪并封锁了德拉古特及其20艘舰艇于杰尔巴的一个海湾，但德拉古特巧妙地逃脱了，他挖了一条水道，将舰船拖过陆地。

失望之余，多里亚对杰尔巴进行了劫掠。

1552年，一支由德拉古特指挥的100艘舰的奥斯曼舰队在庞萨战役中击败了多里亚指挥的40艘热那亚舰队。

随着法兰西与帝国之间再次爆发战争，法国入侵了当时由热那亚圣乔治银行管理的科西嘉岛。

多里亚再次被召集，他在岛上与法国人交战了两年（1553-1555），战局起伏不定。

1555年，他正式返回热那亚，因年事已高、身体虚弱，他将舰队指挥权交给了他的曾侄孙乔瓦尼·安德烈亚·多里亚，后者是吉安内蒂诺·多里亚的儿子。

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他组织了一次对特里波利的远征，但结果比他曾经在阿尔及尔的经历还要失败，最终在与皮亚莱·帕夏和德拉古特的土耳其舰队的杰尔巴战役中险些丧命。

安德烈亚·多里亚将他的遗产留给了乔瓦尼·安德烈亚。

多里亚·潘菲利·兰迪家族是乔瓦尼·安德烈亚·多里亚的后裔，并承袭了他的梅尔菲王子头衔。

一直到1560 年 11 月 25 日，这位热那亚海上强者才去世，他活了95岁。

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从1528年直到去世，多里亚在热那亚共和国的决策中发挥了主导作用，被视为当时欧洲首屈一指的海军领袖。

他被神圣罗马皇帝查理五世任命为大海军上将，利用这一职位既保护了热那亚的独立，又巩固了自己对这座城市的控制。

他还通过自己拥有的船只担任私掠者，以增加财富。

他的舰队帮助确保了西班牙与意大利之间的帝国海上航线，尽管在对抗显着威胁的奥斯曼海军方面成效不一。

作为热那亚的统治者，多里亚对共和国的宪法进行了改革。

他对热那亚共和国的宪法改革一直持续到1797年共和国结束。

为了纪念这位海军上将，几艘船只以他的名字命名，其中最着名的是意大利客轮安德烈亚·多里亚号（SS Andrea Doria），于1951年下水，1956年因碰撞沉没。