最终，在1561年，费迪南德恢复了此前因新教徒成功而被解散的布拉格大主教区（Archdiocese of Prague）。

在奥斯曼帝国入侵匈牙利后，传统的匈牙利加冕城市塞凯什费赫尔瓦尔（Székesfehérvár）被奥斯曼帝国占领。

因此，在1536年，匈牙利饮食（Diet）决定在普雷斯堡（Pressburg）设立新的国王加冕地点及饮食会议地点。

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费迪南德建议匈牙利和波希米亚的饮食应共同召开会议并进行辩论，但所有各方均拒绝这一创新。

在匈牙利，君主制一直保持选举制，直到1627年（哈布斯堡王朝的女性继承权在1723年被承认），尽管费迪南德之后的国王总是哈布斯堡王朝的成员。

然而，奥地利、匈牙利和波希米亚之间形成了一种初步的联盟，基于共同的法律地位。

费迪南德有兴趣将波希米亚与帝国的管辖分开，并使波希米亚与帝国之间的联系更加松散（波希米亚不需要向帝国纳税）。

随着他获得波希米亚国王作为帝国王子-选帝侯的权利，他能够给予波希米亚（以及上卢萨蒂亚、下卢萨蒂亚、西里西亚和摩拉维亚等相关领土）与奥地利相同的特权地位，从而确认了他在帝国中的优越地位。

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1562年12月，费迪南德让他的长子马克西米大公（Archduke Maximilian）当选为罗马之王（King of the Romans）。

随后，他在波希米亚继承王位，并在1563年获得匈牙利王位。

费迪南德于1564年在维也纳去世，葬于布拉格（Prague）圣维特大教堂（St. Vitus Cathedral）。

他去世后，马克西米连顺利登基。

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哈布斯堡王朝的分裂发生在1556年。

费迪南德的遗产最终证明是持久的。

尽管缺乏资源，他仍在兄弟的有限支持下成功抵御了奥斯曼帝国的进攻，并甚至保住了匈牙利的一部分，这为哈布斯堡王朝后来的全面征服奠定了基础。

在自己的领土上，他建立了一个税收体系，虽然不完善，却延续到了他的继任者时期。

他对新教改革的处理方式比他的兄弟更加灵活和有效，并在1555年达成的和解中发挥了关键作用，开启了德国的和平时代。

他的政治才能总体上是谨慎而有效的。

然而，当他参与更具冒险性的活动时，比如对布达（Buda）和佩斯特（Pest）的进攻，往往以失败告终。

费希特纳（Fichtner）指出，费迪南德是一位平庸的军事指挥官（因此在匈牙利与奥斯曼帝国打交道时面临许多困难），但他是一位充满活力和极具想象力的行政管理者，为他的帝国构建了一个框架，这一框架延续到了十八世纪。

这个框架包括一个宫廷委员会、秘密委员会、中央财政和军事事务机构，书面业务由一个共同的文书处进行。

在他在位期间，波希米亚和匈牙利抵制与这一结构的合作，但德意志地区普遍模仿了这一模式。

费迪南德也是艺术的赞助人，他装饰了维也纳和布拉格。

他重新组织了维也纳大学。

他还邀请耶稣会士来到首都，吸引意大利和低国家的建筑师和学者，创造了围绕宫廷的知识氛围。

他促进了对东方语言的学术兴趣。

受邀的人文主义者对他的儿子马克西米产生了重大影响。

他特别