即便在5世纪，城市沦为西哥特人（Visigoths）统治之后，马赛依然成为一个重要的基督教智力中心，涌现出约翰·卡西安（John Cassian）、萨尔维安（Salvian）和西多尼乌斯·阿波利纳里斯（Sidonius Apollinaris）等人。

进入6世纪，马赛迎来了黄金时代，成为地中海地区的主要商业中心。

直到7世纪，城市仍继续维持晚古代的繁荣，法科埃亚和罗马的基础设施（如广场和浴场）仍在使用。

736年，马赛在当地统治者莫朗图斯公爵（Maurontus）的邀请下被乌马雅德阿拉伯军队占领，作为对抗敌人查理·马特尔（Charles Martel）的盟友。

739年，马特尔的军队因马赛拒绝了马特尔任命的总督而突然惩罚了这座城市。

此后，马赛在经历了150年的希腊人和撒拉逊人（Saracens）袭击后，在10世纪之前未能再度发展。

在10世纪，马赛在普罗旺斯伯爵的统治下重新获得了大部分财富和贸易权力。

在1212年至1218年间，城市事实上由圣灵兄弟会（Confraternity of the Holy Spirit）管理。

普罗旺斯伯爵允许由一名领事治理的马赛享有很大的自治权，直到雷蒙·贝伦格四世（Raymond Berengar IV of Provence）的统治。

马赛最初抵制他对控制权的主张，但在1243年承认了他的宗主权。

在他去世后，他的女儿普罗旺斯的比阿特丽斯（Beatrice of Provence）于1246年嫁给了法国国王路易九世（Louis IX of France）的兄弟阿尔萨斯的查尔斯一世（Charles I of Anjou），使他成为伯爵。

查尔斯继续推行他岳父的行政改革，这再次引发了不满。

1248年，马赛在当地两位贵族巴拉尔·德·博（Barral of Baux）和博尼法斯·德·卡斯特兰（Boniface of Castellane）的领导下反叛，而查尔斯此时正在参与第七次十字军东征。

查尔斯于1250年返回，并于1252年迫使马赛投降。

1262年，马赛在博尼法斯·德·卡斯特兰和巴拉尔·德·博的表兄雨果·德·博（Hugues des Baux）的带领下再次起义，巴拉尔·德·博保持忠诚并协助镇压动乱。

查尔斯于1263年镇压了这场叛乱。

贸易繁荣，马赛未再给他带来麻烦。

1348年，城市遭受了可怕的黑死病袭击，直到1361年该病间歇性地持续蔓延。

作为一个主要港口，马赛被认为是法国最早接触到这一流行病的地方，约有15,000人在这一经济繁荣时期人口为25,000的城市中丧生。

1423年，城市又一次遭到阿拉贡人（Aragonese）的洗劫和掠夺，财富进一步下降。