除了这些主要的中央部门之外，刘备还决定规范军权，建立起中央的军队管理指挥体系。
他将军权分为统兵之权和调兵之权，以及后勤之权，互相之间并不统属。
因为目前军队执行的是募兵制度，所以刘备大军有专门的练兵机构和练兵传统。
任何新兵进入军队，先到新兵大营待个两年再出来，学习技战术和基础文化知识，这在多年的刘备式的军队体制教育之下，被时人认为是很正常的事情。
不过原先这个存在属于一个军营的性质，不是一个正儿八经的职能部门，但是现在情况有了变化。
刘备当皇帝了，为了让这个好的政策延续下去，不断发挥作用，刘备决定扶正这个机构，决定设置新的部门练兵院，专司负责全国新兵的训练。
任何一名新兵不管从什么地方来，一并归属练兵院管理，需要在练兵院进行两年的日常训练并且通过考核，才能被认为是一名合格的新兵。
练兵院便成为了正儿八经的练兵职能部门，执掌统兵之权。
至于调兵之权，刘备也打算专门在中央设立一个新的部门，置枢密院，掌调兵之权。
他将以枢密院为行军参谋之所，吸纳有军事才能的人进入，为大军行动执行计划，发布作战命令给执行计划的军队将领，并派遣行军参谋为将领辅助，提供战术指导。
另外的军队后勤事务则交给八部之中的军部来负责，以军部为军队后勤进行系统化的管理，军队的任何物资需求都将由军部来管理，包括军费。
统兵有练兵院，调兵有枢密院，后勤有军部，三个军事职能部门就在刘备的蓝图之中建立起来，构成一套行之有效的中央指挥体系。
三个军事部门为平级，互不统属，互相协作，他们所有的直属上级，只有一个，那就是皇帝。
而在中央指挥体系之外，刘备还要明确规定军事将领的权力，在这一点上，他不会犯浑。
不管和将军们的私人关系如何，这都不能成为放权的理由，军事权力的归属对于他这个军事强人来说，至关重要。
所以刘备定下了规定，大汉第三帝国的整个军事逻辑需要进行改变。
军队日常由练兵院管理、训练，由军部根据练兵院的需求提供后勤物资，这个期间，没有枢密院什么事情，枢密院不会以任何理由参与到这些事情当中，除非皇帝下令。
军事将领作为特殊存在，因为其所担任的职务，或许会和军队有一些接触，也或许会因为练兵院的命令而参与到军队的训练当中。
但是日常时期，军事将领除了自己的亲兵队伍以外，并不能调动所属军队的任何一支人马去办理任何事情，就算是亲卫兵，五十人以上的调动也需要枢密院的许可。
而当战争或者特殊驻防任务出现的时候，则由枢密院制定计划、提供标准，与皇帝共同商议之后取得皇帝的认可，持皇帝兵符和皇帝手令向练兵院和军事将领传达命令。
军事将领得到命令和兵符之后，与枢密院来人一同前往练兵院，与练兵院负责人核对手令、兵符，确定命令的合法有效性。
之后，军事将领根据任务内容获得练兵院的许可，得到练兵院的许可，获得一支军队的指挥权，再根据枢密院给出的任务，负责具体执行。
整个运转逻辑就是军事将领通过皇帝向练兵院、枢密院下达命令，从而以【镇某将军】、【征某将军】的名义，临时获得军队的全部指挥权力，用以执行任务。
执行任务期间，将领主要根据皇帝的许可获得军队的指挥权力和一些其他的特殊权力，权力内容并不一定，主要根据需求根据皇帝本人的意愿进行调整。
而在任务执行完毕之后，执行任务的将领就要把军队归还给练兵院建制，本身回到一个日常的状态之中。
第二帝国时期通行的私兵、家兵等等在第三帝国是不被允许的，地方上的私募兵员也不会被允许。
刘备计划在未来某个时刻回收州刺史、郡太守等地方长官的军权，并且明文规定地方行政长官的行政属性，剥离他们的军事属性，使之彻底向行政官员的身份进行转变。
“郡将”之类的别称将彻底成为历史。
这场大规模的机构改组行动中，刘备可以算是彻底的把整个第二帝国的上层建筑推倒重来了，给第三帝国的建立拉满了排面。
而对于跟着刘备从第二帝国混到第三帝国的人们来说，这一次机构的重组则意味着权力的变更，对于他们来说，这是非常值得在意的事情。
当然了，刘备也不会亏待他们就是了，因为敌人都被清洗掉了，所以这些权力机构肯定是紧着自己人来。
最重要的八部，刘备全都是紧着自己人来的。
比如负责官员遴选、掌握人事大权的吏部尚书职位，刘备任命了最早跟随自己的简雍来担当。
简雍是最早跟随刘备的老人，是跟着刘备在幽州起家干架的老伙计。
在凉州的时候他就长期负责人事业务，很多优秀得力的官员都是他遴选出来的。
他虽然没有直接上“战场”和旧势力战斗，但是在刘备和旧势力斗争的时候，在他的主持下，为刘备从凉州地区输送了大量合格的后备官吏。
这些新鲜血液的补充为刘备战胜政敌之后用最快的速度消化政敌的势力立下了汗马功劳，所以简雍是政治战场上刘备不可获缺的“猛将”之一。
凉州出身的官吏在这些年里面不是没有犯罪而被拿下的，也有不少突然起势之后急着作威作福，结果被拿下。
有些人干出来的事情也很丑，刘备自己也觉得脸上无光，对自己门生出身的犯错官员的惩戒比一般官员的惩戒要更加严肃、果决。
但是相比于旧时代的虫豸们来说，凉州州学培养出来的新官吏在整体素质和道德水平上确实高出了不止一个数量级。
这里头，简雍居功至伟。
与此同时，在凉州负责官员政绩考课的国渊被刘备任命为吏部左侍郎兼考功司郎中。