宣和二年十月初九，明教教主方腊，率众在歙县七贤村高呼：

“独吾民终岁勤动，妻子冻馁，求一日饱食不可得，诸君以为何如。”

青溪的教众，豪杰闻风响应，人数到达万人，其军尊称方腊为“圣公”，改元“永乐”。

朝野震动，徽宗命童贯领十万军队镇压。童贯以葵花宝典绝学肆虐，起义军及明教教众被其阴狠招法大煞，遇童贯军旗溃散。

起义失败后，教主方腊被擒，其余百万残军多被围剿。

靖康之变，朝廷南迁，对明教的追剿稍有放松，明教苟延残喘之际迎来一丝发展机遇。

第八任教主钟相，为缓解朝廷的打压，有意释放善意，率部众北上抗击金兵。然而朝廷的理念一向是，攘外必先安内，出兵对付金兵的同时，败退的官兵不忘对明教一路抢掠，削弱其实力。

钟相忍无可忍，与朝廷决裂，率众起义。很快占有十九个县，队伍发展到几十万人。建立政权，国号大楚，称楚王。

朝廷惊恐不安，视之为心腹大患，遂遣军往讨。将抗击金兵的岳飞主力撤回，一心对付钟相。岳飞多以招降政策规劝，不忍同胞相残，义军逐被击破，以明教为首的又一次起义被镇压。

之后又历经多年，明教教主王宗石在信州起事，余五婆教主，绍兴年间有在衢州起事，张三枪教主，理宗绍定年间有在江西、广东一带起事。

无一例外，明教的诸多起义反抗都被镇压。心死的教众如一叶飘零，再无青云之志。

坊间对明教不断起义造反之事褒贬不一，有人为此作诗一首：

大江东去浪淘沙，明月西耀番夷邦。

王公亲贵朱门酒，朝纲不振莫须有。

显豪气多屠狗辈，汉江山无真黄巢。

人杰地灵原无灵，骨血支离仍还在。

明教的教义是惩恶扬善、度化世人，因此如果皇帝昏庸、官员腐败、民不聊生，明教必定会起义造反，与一般的江湖门派渴望称霸，且与朝廷井水不犯河水的态度不同，明教想要建立一个人人都吃得饱、穿得暖的大同社会。

因此明教屡屡遭受到朝廷的镇压，而为了躲避官府的围剿，明教中人行事就难免隐秘，故而被江湖中人视为“魔教”。

受到压迫的人往往呈现两种极端，一种便是心如死灰，有所收敛，韬光养晦，一种则是越挫越勇，保持激昂，不甘为奴。

教众呈现分化趋势，有两种不同的声音出现。

一部分依托道教、佛教、原教旨进一步发展。他们认为以目前明教的实力不足以再起干戈，应保存实力，发展壮大。这部分人西迁昆仑山，建光明顶，尊波斯为总教，以圣火令为教中圣物。拥石遗令为三十一代教主，是为西明教。